Mac OS で R を使おう

Mac R

こんな小さなブログでも、情報を求めて迷い込んでくる方がいらっしゃる。アクセス解析をみていると、どうもRのインストールに関する疑問が多いようです。

そこでココでは、Mac OS におけるRのインストールと、僕が使ってる環境設定について紹介します。

Rインストール

インストール手順については以前のエントリーにも書いているとおり。公式からpkgをダウンロードするのが手っ取り早いが、必要に応じてバイナリからmakeしよう。

　　

パッケージのインストール

R言語には、生物情報解析向けの様々な解析ツールを提供しているBioconductorと呼ばれるオープンソースプログラムがある。これは世界的な集まりで、学術雑誌に掲載される研究の多くが、ここのツールを利用してデータ解析を行っている。Bioconductorを使わずにツールを個別に入手する場合はこちらを参照ください。

　　

Bioconductor から基本パッケージの入手

例えば、Bioconductorの基本パッケージはRを起動して次の2つのコマンドを入力する。

 > source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
 > biocLite()

これにより、一連の基本パッケージがダウンロードされる。

　　

Bioconductor からIllumina製マイクロアレイ・データ解析パッケージ(lumi)の入手

任意のパッケージは、biocLite関数を使うことで簡単に入手できる。

 > source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
 > biocLite("lumi")

これにより、目的のパッケージがダウンロードされる。このパッケージを利用する際には、

 > library(lumi)

と入力して読み込む。

　　

Bioconductor から並列解析パッケージ(snow)の入手

マルチコアCPUを使っている方にはおすすめしたいパッケージの一つ。複数のコアを使った並列処理を行えるようになるので、使い方によっては処理速度を大幅に改善できる。snowパッケージに関する詳細はこちらを参照ください。

続く記事では、基本となる使い方を簡単に紹介します。パッケージの入手法は以下の通り。

 > source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
 > biocLite("snow")

　　

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